Thời Trung Cổ thường bị bóp méo thành một "thời kì của sự ngu dốt và mê tín" đặt "lời nói của những thế lực tôn giáo lên trên kinh nghiệm cá nhân và hoạt động lý tính."[306] Đây là điều để lại từ cả thời Phục Hưng và thời Khai sáng, khi các học giả tìm cách đối lập văn hóa tinh thần của họ với văn hóa Trung Cổ, lẽ dĩ nhiên thiên vị thời đại của họ. Các học giả Phục Hưng xem thời Trung Cổ như một thời kỳ suy thoái từ văn hóa tinh hoa và văn minh của thế giới Cổ điển; các học giả Khai sáng xem lý trí là ưu việt hơn đức tin, và do đó xem thời Trung Đại như một thời kỳ của mông muội.[12]

Những người khác lập luận rằng lý trí nhìn chung được xem trọng trong thời Trung Cổ. Sử gia khoa học Edward Grant viết, "Nếu các tư tưởng lý tính cách mạng được biểu hiện [trong thế kỷ 18], chúng chỉ được khả thi bởi vì truyền thống lâu dài từ Trung Cổ đã thiết lập việc sử dụng lý trí như một trong những hoạt động quan trọng nhất của con người".[307] Đồng thời, trái với niềm tin thông thường, David Lindberg viết, "các học giả hậu kỳ Trung Cổ hiếm khi nếm trải sức mạnh cưỡng bức của giáo hội và sẽ tự xem mình là tự do (đặc biệt trong các ngành khoa học tự nhiên) đi theo lý trí và quan sát bất cứ nơi nào chúng dẫn tới".[308]

Sự khắc họa sai lệch về thời kỳ này cũng được phản ánh trong một số ý niệm cụ thể hơn. Một quan niệm sai lầm, bắt đầu lan truyền trong thế kỉ 19[309] và vẫn còn rất phổ biến, đó là tất cả mọi người trong thời Trung Cổ tin rằng Trái Đất phẳng.[309] Điều này không chính xác, vì các giảng viên trong các đại học Trung Cổ thông thường lập luận rằng bằng chứng cho thấy Trái Đất là một quả cầu.[310] Lindberg và Ronald Numbers, một học giả khác về thời kỳ này, khẳng định rằng "hiếm có một học giả Ki-tô giáo nào thời Trung Cổ lại không nhận thức được tính chất cầu [của Trái Đất] và họ thậm chí biết chu vi xấp xỉ của nó".[311] Một số lầm tưởng khác như "Giáo hội cấm đoán phẫu thuật và giải phẫu tử thi trong thời Trung Cổ", "sự trỗi dậy của Ki-tô giáo giết chết khoa học cổ đại", hay "Giáo hội Ki-tô Trung Cổ dập tắt sự phát triển của triết học tự nhiên", tất cả được Numbers trích dẫn là những ví dụ về những huyền thoại phổ biến vẫn lan truyền như những sự thật lịch sử, trong khi chúng không được các nghiên cứu lịch sử hiện nay ủng hộ.[312]